采购中心内设3个职能部门：综合部、标书编写部、评标部。

综合部：负责采购中心公文收发、文件交换等运转工作；负责文秘工作包括各类工作总结、工作报告、工作思路等综合材料的起草；负责中心文书档案、印章的管理工作；负责中心内部制度建设、质量体系管理；负责政府采购对外宣传、联络及接待工作；负责中心网站及内部局域网的管理、技术支持，负责政府采购招投标系统、OA办公自动化系统软件开发及管理工作；负责编制中心年度部门预算、中心内部财务核算及报表编制、会计档案管理等工作；负责采购中心财产物资管理以及公费医疗管理、安全保卫、消防管理等后勤保障工作；负责确定中心内部各岗位的职责和能力要求及考核评价工作；负责组织内部人员的业务培训考核工作；负责受理采购人的委托，签订《委托代理采购协议书》；负责采购中心各类采购信息发布工作；负责对专家工作质量进行考核评价；负责编制政府采购统计报表及业务档案的管理；负责受理采购人、供应商等有关部门的质疑，并配合监督管理部门依法对有关投诉进行调查、取证和处理等工作。 

标书编写部：负责与采购人就委托事项进行沟通联系并完善采购需求；组织专家论证采购人提出的技术需求，编制《招标（谈判、询价）文件》；拟定采购信息公告内容并交综合部发布；发售《招标（谈判、询价）文件》。

评标部：负责会议室的预约与管理；负责邀请采购人、监察员出席评审会议；负责保证金及服务费的收取；负责组织专家对采购项目进行评审；负责报送采购人、财政部门确认评标结果；负责拟定采购结果公告并交综合部发布；负责项目资料报送财政部门备份及资料归档前的整理。